Huma-Num met à disposition des environnements serveurs de développement et de publication de R

La très grande infrastructure de recherche Huma-Num a le plaisir de vous annoncer la mise à disposition de deux environnements de développement pour le logiciel R : R Studio Server Pro et Shiny Server Pro. R est à la fois un langage de programmation et un logiciel très utilisé dans le traitement de données et l’analyse statistique, y compris en sciences humaines et sociales. Le champ d’application de R est très large et va bien au-delà du champ de la statistique pure (notamment la cartographie).

R Studio permet l’utilisation du langage R dans un environnement graphique et de déporter l’exécution sur un serveur distant. Shiny permet de publier des analyses sous forme d’applications web à partir du langage R (voir des exemples ici : http://shiny.rstudio.com/gallery/).

Qu’est-ce que R Studio Server Pro ?

La version serveur de R Studio reprend l’ensemble des fonctionnalités de la version libre Desktop et y apporte les avantages suivants :

  • L’IDE s’utilise directement via un navigateur web sans nécessiter d’installation particulière sur l’ordinateur
  • Le traitement bénéficie d’une mémoire vive importante (>64Go)
  • Les projets peuvent être partagés entre différentes personnes titulaires d’un compte sur le serveur.
  • Il permet de préparer le projet et les données dans le même contexte que le serveur, avant de les faire exécuter en tâche de fond pour les calculs longs (plusieurs jours voire semaines de traitement)

Qu’est-ce que Shiny Server Pro ?

La version Pro de Shiny est assez similaire à la version libre de Shiny, mais elle permet une exécution simultanée des applications. Les versions Pro de Shiny et R Studio Server ont la particularité de pouvoir utiliser des versions multiples et différentes de R suivant le contexte.

Expérimentation

Les licences Pro de R Studio et Shiny acquises par la TGIR Huma-Num ont un cout de fonctionnement annuel important (>10K€/an). Elles ont été demandées par un certain nombre d’utilisateurs des communautés SHS. Avant d’engager plus de moyens, nous expérimentons la mise à disposition de ces outils pendant huit mois en situation réelle de production. Nous évaluerons en octobre 2017 si les ressources mises à disposition sont utilisées et si elles présentent une véritable utilité scientifique (c.-à-d. qu’elles ne soient pas simplement utilisées pour des tests ou de l’auto-formation) avant de procéder à la reconduction de ces licences.

Ex. d'une app. sous Shiny

Ex. d’une app. sous Shiny


Par ailleurs, nous n’avons pas acquis de licence R Connect qui permet d’ajouter un simple bouton “Publish” dans R Studio et qui effectue la préparation du projet pour publication. La publication sous la forme d’App Shiny et/ou la création d’un job de traitement devra s’effectuer de façon manuelle.

Autres outils de traitement de données en SHS

La TGIR Huma-Num met à disposition un ensemble d’outils de traitement des données sous la forme d’applications web ou de logiciels à installer sur un ordinateur personnel. La liste est consultable ici : http://www.huma-num.fr/services-et-outils/traiter

Comment accéder à ces outils ?

Pour accéder à ces outils, merci d’écrire à cogrid@huma-num.fr avec en précisant les éléments* ci-dessous :

Nom, Prénom
Laboratoire de rattachement
Statut (i.e doctorant, enseignant-chercheur, chercheur, ITA, IATOS)
Cadre/s d’utilisation (programme de recherche, recherche dans le cadre d’une thèse)
Description courte (< 5 lignes) du/des cadre/s d'utilisation
Type de compte demandé : R Studio Web ou R Studio Web + Shiny

Sauf avis contraire ou demande particulière, il sera communiqué un compte standard nominatif qui permettra de se connecter à l’instance de R Studio Server, ainsi qu’en SSH et, de façon optionnelle, une URL de publication d’application Shiny sous la forme https://analytics.huma-num.fr/prenom.nom/
Afin d’assurer la stabilité des applications, l’exécution des processus utilise exclusivement des versions prédéfinies du langage R (actuellement R 3.3.2 et R 3.2.5) directement compilées sur nos serveurs et à un certain nombre de packages standards (environ 180). L’installation manuelle de package est permise.
Les versions existantes au moment de la préparation du serveur seront conservées, les nouvelles versions de R seront installées au fur et à mesure. A notre que dans R Studio, l’utilisateur peut directement changer sa version de R. Dans Shiny, il faudra demander à changer la version d’exécution, car celle-ci est fixée au lancement du serveur.

En savoir plus sur le langage R :

* : déclaration en cours auprès du CIL du CNRS.


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